Le développeur principal d'Assassin's Creed Shadows assure aux joueurs que le choix d'un seul protagoniste n'aura pas d'impact significatif sur leur expérience. Le jeu présente deux personnages jouables: Naoe, une femme Shinobi, et Yasuke, un samouraï africain historique, un choix qui a généré une discussion pré-libérée.
Des inquiétudes se sont présentées que se concentrer sur un personnage pourrait conduire à manquer des points de tracé cruciaux ou un gameplay. Le directeur créatif Jonathan Dumont a répondu à ces préoccupations, décrivant sa propre approche: "Je bascule généralement entre les personnages, peut-être 3-5 heures avec l'un, puis 2-3 avec l'autre."
Cependant, Dumont a précisé que la priorisation d'un personnage ne gênera pas considérablement les progrès. Alors que chaque protagoniste possède des séquences d'ouverture uniques et des scénarios personnels, le récit du jeu s'adapte dynamiquement à la préférence du joueur. Il encourage les joueurs à suivre leur instinct: "Je ne crois pas que vous manquerez beaucoup. Cela dépend de votre style de jeu. Expérimentez la sélection des personnages et voyez comment le jeu s'adapte. Chacun a des introductions et des quêtes individuelles, mais l'expérience de base reste flexible."