हत्यारे के पंथ छाया के प्रमुख डेवलपर ने खिलाड़ियों को आश्वासन दिया कि एक एकल नायक चुनना उनके अनुभव को काफी प्रभावित नहीं करेगा। खेल में दो खेलने योग्य पात्र हैं: नाओ, एक महिला शिनोबी, और यासुके, एक ऐतिहासिक अफ्रीकी समुराई, एक विकल्प जिसने पूर्व-रिलीज़ चर्चा उत्पन्न की है।
चिंताएं पैदा हुईं कि एक चरित्र पर ध्यान केंद्रित करने से महत्वपूर्ण प्लॉट पॉइंट या गेमप्ले लापता हो सकता है। क्रिएटिव डायरेक्टर जोनाथन ड्यूमॉन्ट ने इन चिंताओं को संबोधित किया, अपने स्वयं के दृष्टिकोण का वर्णन करते हुए: "मैं आमतौर पर पात्रों के बीच स्विच करता हूं, शायद एक के साथ 3-5 घंटे, फिर दूसरे के साथ 2-3।"
हालांकि, ड्यूमॉन्ट ने स्पष्ट किया कि एक चरित्र को प्राथमिकता देने से प्रगति में काफी बाधा नहीं होगी। जबकि प्रत्येक नायक अद्वितीय उद्घाटन अनुक्रमों और व्यक्तिगत स्टोरीलाइन का दावा करता है, खेल की कथा गतिशील रूप से खिलाड़ी की पसंद को समायोजित करती है। वह खिलाड़ियों को अपनी प्रवृत्ति का पालन करने के लिए प्रोत्साहित करता है: "मुझे विश्वास नहीं है कि आप बहुत याद करेंगे। यह आपकी खेल शैली पर निर्भर करता है। चरित्र चयन के साथ प्रयोग करें और देखें कि गेम कैसे अनुकूलित करता है। प्रत्येक में व्यक्तिगत परिचय और quests हैं, लेकिन मुख्य अनुभव रहता है लचीला।"