Lo sviluppatore principale di Assassin Creed Shadows assicura ai giocatori che la scelta di un singolo protagonista non avrà un impatto significativo sulla loro esperienza. Il gioco prevede due personaggi giocabili: Naoe, uno shinobi femminile e Yasuke, uno storico samurai africano, una scelta che ha generato discussioni pre-release.
Sono sorse le preoccupazioni che concentrarsi su un personaggio potrebbero portare a punti di trama cruciali o gameplay. Il direttore creativo Jonathan Dumont ha affrontato queste preoccupazioni, descrivendo il suo approccio: "In genere passerò da un personaggio, forse a 3-5 ore con uno, quindi 2-3 con l'altro".
Tuttavia, Dumont ha chiarito che dare la priorità a un carattere non ostacolerà sostanzialmente i progressi. Mentre ogni protagonista vanta sequenze di apertura uniche e trame personali, la narrazione del gioco si adatta dinamicamente alla preferenza del giocatore. Incoraggia i giocatori a seguire i loro istinti: "Non credo che ti perderai molto. Dipende dal tuo stile di gioco. Sperimenta la selezione dei personaggi e guarda come il gioco si adatta. Ognuno ha presentazioni e missioni individuali, ma l'esperienza principale rimane flessibile."