Nhà phát triển chính của Assassin Creed Shadows đảm bảo cho người chơi rằng việc chọn một nhân vật chính sẽ không ảnh hưởng đáng kể đến trải nghiệm của họ. Trò chơi có hai nhân vật có thể chơi được: Naoe, một nữ Shinobi và Yasuke, một Samurai châu Phi lịch sử, một sự lựa chọn đã tạo ra cuộc thảo luận trước khi phát hành.
Những lo ngại nảy sinh rằng việc tập trung vào một nhân vật có thể dẫn đến việc bỏ lỡ các điểm cốt truyện quan trọng hoặc trò chơi. Giám đốc sáng tạo Jonathan Dumont đã giải quyết những mối quan tâm này, mô tả cách tiếp cận của riêng mình: "Tôi thường chuyển đổi giữa các nhân vật, có lẽ 3-5 giờ với một, sau đó 2-3 với người kia."
Tuy nhiên, Dumont làm rõ rằng việc ưu tiên một nhân vật sẽ không cản trở tiến trình đáng kể. Mặc dù mỗi nhân vật chính tự hào có các chuỗi mở đầu và cốt truyện cá nhân duy nhất, thì câu chuyện của trò chơi sẽ tự động điều chỉnh theo sở thích của người chơi. Anh ấy khuyến khích người chơi theo bản năng của họ: "Tôi không tin rằng bạn sẽ bỏ lỡ nhiều. Nó phụ thuộc vào phong cách chơi của bạn. Thử nghiệm với lựa chọn nhân vật và xem trò chơi thích nghi như thế nào. linh hoạt."