De hoofdontwikkelaar van Assassin's Creed Shadows verzekert spelers dat het kiezen van een enkele hoofdrolspeler hun ervaring niet significant zal beïnvloeden. De game bevat twee speelbare personages: NAOE, een vrouwelijke shinobi en Yasuke, een historische Afrikaanse samurai, een keuze die de discussie voor de release heeft gegenereerd.
Er ontstonden bezorgdheid dat de focus op één personage kan leiden tot het missen van cruciale plotpunten of gameplay. Creatief directeur Jonathan Dumont ging over deze zorgen en beschreef zijn eigen aanpak: "Ik schakel meestal tussen personages, misschien 3-5 uur met de ene, dan 2-3 met de andere."
Dumont verduidelijkte echter dat het prioriteren van één personage de voortgang niet aanzienlijk zal belemmeren. Terwijl elke hoofdrolspeler unieke openingssequenties en persoonlijke verhaallijnen beschikt, past het verhaal van de game dynamisch aan aan de voorkeur van de speler. Hij moedigt spelers aan om hun instincten te volgen: "Ik geloof niet dat je veel zult missen. Het hangt af van je speelstijl. Experimenteer met karakterkeuze en kijk hoe het spel zich aanpast. Elk heeft individuele introducties en missies, maar de kernervaring blijft bestaan flexibele."